Храмът “Св. Петър и Павел” се намира в северното подножие на крепостта на хълма Царевец. Издигането му се свързва с акта на пренасяне на мощите на св. Йоан Поливотски от цар Калоян в столичния Търновград през 1204 г. Впоследствие около църквата е формиран манастирски комплекс. Изграждането му е по волята и ктиторството на Ана-Мария (1221–1237 г.), съпруга на цар Ивана Асен II. След завладяването на столичния Търновград от османските турци през 1393 г. манастирът изпълнява функцията на патриаршеска резиденция. След понижаването на самостойната българска патриаршия в ранг на митрополия, подчинена на Цариградската патриаршия (в периода 1416 – 1439 г.), комплексът около храма става митрополитска резиденция, а църквата “Св. Петър и Павел” – митрополитска катедра.
В архитектурно отношение храмът е представител на групата считана за преходна между т.нар. цариградски и провинциален вариант на кръстокуполна църква. От запад и юг тя е обхваната от галерия, завършваща в източния си край със скевофилакий. Първоначално галерията е била с отворена аркада. В края на XVI в. междуарковите пространства са зазидани.
По отношение на зографията са установени три етапа на изпълнение. Първото стенописване е извършено в началото на XIII в. От него са оцелели изписаните в медалиони образи на св. Гурий, св. Симон и св. Авиф.
Мащабно обновление на стенописната украса в наоса и притвора на храма е извършено през 40-те години на XV в. По това време, той вече изпълнява функцията на митрополитска катедра. От това време в олтарната конха са оцелели фрагменти от сцената Евхаристия, цикъла на т. нар. утринни неделни евангелия, образите на църковните отци – св. Григорий Богослов, Йоан Милостиви, Герман Велики и др. Върху северната част на източната стена е стенописана сцената “Христос в гроба”, в която се долавят отчетливи западноевропейски влияния.
От първия регистър върху южната стена е запазена композицията “Дейсис”, изображения на теолози и отшелници – Герасим, Харитон, Варлаам, Йоасаф, Йоаникий. В този регистър на северната стена са образите на пустиножителите Павел Тивейски, Пахомий с ангела и Онуфрий. Върху стълбовете отделящи наоса от притвора са представени изображенията на най-почитания български светец св. Иван Рилски, патроните на храма св. Петър и св. Павел, Христос Богоносец, архангел Михаил и архангел Гавраил. Междуарковите пространства са заети от генеалогичното дърво на Христовия род – Древо Йесеево и медалионни с изображения на светците Борис и Глеб. На западната стена над образите на св. Йосиф песнопевец и св. Козма Творец е разположена сцената “Успение на Св. Богородица”. В притвора на храма е запазен фрагмент от изображението на Шестия Вселенски събор, проведен в Константинопол през 680–681 г.
Стенописната украса в галерията е изпълнена в последните две десетилетия на XVI в. Върху северната и стена могат да бъдат видяни части от стенописен календар (Менелог) за месеците септември, ноември, декември, януари и февруари.
Църквата „Св. Иван Рилски” е част от манастирския комплекс при храма „Св. Петър и Павел”. На долния ́и етаж има крипта. В нея съгласно монашеската традиция са били съхраняваните костите на починалите обитатели на манастира. Същинската църква се намира на втория етаж. Фасадите ́и са били украсени с разноцветни керамопластични елементи.
Разкритите при археологическите проучвания останки от стенописната украса показват, че тя е дело на най-добрите зографи от търновския художествен кръг.
Църквата играе важна роля в историята на Второто българско царство и по време на драматичните събития разиграли се в Търново след превземането му от османските турци през 1393 г.
През 1194/ 1195 г. българският цар Асен І (1186 – 1196) пренася мощите на най-почитаният български светец св. Иван Рилски от Средец (София) в столицата Търновград. Те са положени в специално изградена за целта църква в крепостта Трапезица. Около нея впоследствие е формиран манастир. След завладяването на Търново от османските турци, по инициатива на патриарх Евтимий мощите на светеца са пренесени в новата патриаршеска резиденция при храма „Св. Петър и Павел”. Съхраняват се в църквата „Св. Иван Рилски”. На големите църковни празници се изнасят от нея и с тържествена процесия се поставят в катедралния храм. През 1469 г. рилските монаси получават разрешение да отнесат мощите на своя патрон в Рилския манастир, където са намират и днес.
